잣뽕나무버섯 자원 평가를 위한 genomic SSR 마커 개발 및 곤봉뽕나무버섯에 대한 적용가능성 평가

김소희1*,이화용1

(1충북대학교 산림학과)

Development of genomic simple sequence repeat markers for evaluating resources of Armillaira ostoyae and their transferability to A. gallica

So Hee Kim1*, Hwayong Lee1

(1Department of Forest science, Chungbuk National University)

요약: 본 연구에서는 잣뽕나무버섯의 자원평가를 위한 SSR마커를 개발하고, 근연종인 곤봉뽕나무버섯에 적용가능성을 평가하였다. NCBI에 공개된 잣뽕나무버섯의 전장유전체를 이용하여 MISA프로그램을 이용해 총 2,319개의 locus를 확인하였다. mononucleotide 반복이 922개, trinucleotide 반복이 763개, dinucleotide 반복이 517개였다. 이 중 임의로 150개의 locus를 선발하였다. 총 22개의 잣뽕나무버섯 균주를 분석 한 결과 105개의 마커가 증폭되었고, 평균 대립유전자 빈도는 0.589, 대립유전자 수는 5.4, 기대 이형접합도는 0.541, 관찰된 이형 접합도는 0.225, 다형성은 0.504였다. 또한 곤봉뽕나무버섯 16개 균주에 적용한 결과, 52개(49.5%)의 프라이머가 적용가능성을 보였으며, 평균 대립유전자 빈도는 0.615, 대립유전자 수는 4.3, 기대 이형접합도는 0.517, 관찰된 이형 접합도는 0.133, 다형성은 0.502였다. 결론적으로 개발된 SSR 마커는 뽕나무버섯속의 자원평가에 이용될 수 있을 것이다.

Abstract: In this study, we aimed to develop SSR markers for evaluating resources in Armillaria ostoyae and examine their transferability to A gallica, a related species. SSR markers were developed using the released A. ostoyae whole genome sequence. The SSR regions were analyzed using the MISA program, identifying a total of 2,319 SSR loci, consisting of 922 mononucleotide, 763 trinucleotide, and 517 dinucleotide motifs. 150 SSR loci were randomly selected. A total of 22 strains of A. ostoyae were analyzed using the developed markers, and 105 markers were successfully amplified. The mean values of major allele frequency(MAF), number of alleles(NA), expected heterozygosity(HE), observed heterozygosity(HO), and polymorphism information content(PIC) values were ca. 0.589, 5.4, 0.541, 0.255, and 0.504, respectively. To evaluate transferability 16 strains of A. gallica were analyzed, and 52 markers (49.5%) were successfully amplified. When these markers were used, the mean values of MAF, NA, HE, HO, and PIC were calculated to be ca. 0.615, 4.3, 0.517, 0.133, and 0.502, respectively. These results can be used for resource evaluation of A. ostoyae and A. gallica. In conclusion, the developed SSR markers are suitable for the resource evaluation of Armillaria species.

Acknowledgement: This work was supported by the National Research Foundation of Korea (NRF) grant funded by the Korea government (MSIT) (NRF-2022R1F1A1074607).