RACSO : 한국형 채종원 맞춤 클론 자동 배치와 시각화 도구

주혜준

(국립산림품종관리센터 종묘관리과)

RACSO : Tool for random seed orchard design and visualization

Hye Joon Joo

(Division of Seed & Seedling Management, National Forest seed & Variety Center)

요약: 채종원 조성에 있어 클론의 배치는 유전적 다양성과 개량성 향상을 위해 자가수분은 최소화하고 타가수분은 촉진되는 방향으로 이루어져야 한다. RACSO(Random Arrangement of Clones on Seed Orchard)는 채종원에 조림될 클론들의 무작위 배치와 이의 시각화 작업을 자동으로 수행하는 데 필요한 Perl 모듈로 구성된 통합 파이프라인이다. 이들 모듈은 1) 클론의 무작위 배치와 2) 오류검사와 수정, 3) 시각화의 3가지 주요 기능을 수행한다. RACSO는 다른 유사한 채종원 설계 프로그램과 비교했을 때 상당히 빠른 수행 속도를 보이는데 이는 조성 채종원의 규모나 식재 불가 구역(empty position)의 포함 여부와 상관없이 이루어져 도로나 암반 지대 등이 포함된 다양한 모양의 한국형 채종원 조성에 매우 유용할 것으로 생각된다.

Abstract: In establishment of new orchard, clones should be arranged to minimize selfing and to facilitate cross-pollination for increase in genetic gain and variation. RACSO is an integrated collection of Perl modules focused on building automated pipelines for random arrangement of clones on seed orchard and grid-based visualization. These modules have three main functions. 1) random arrangement of the clones, 2) examine the positions where the same clones are neighboring and rearrange these clones as far as possible, 3) visualization of planting grid map. Compared to other similar orchard design program, RACSO represents significantly fast running times regardless of the size and number of empty positions in seed orchard. This demonstrates the usefulness of RACSO in environment to place clones on large, polygonal Korean seed orchards with many empty positions.