미선나무 품종 식별용 SSR 마커 개발을 위한 NGS 데이터 활용

박용우1*, 최대호1, 정은숙1, 강정목1, 이화용2

(1충청북도 산림바이오센터, 2충북대학교 산림학과)

Utilization of NGS Data for Development of SSR Markers to Identify Cultivars of Abeliophyllum distichum Nakai.

Yong-Woo Park1*, Daeho Choi1, Eun-Suk Jeong1, Jeongmok Kang1, Hwayong Lee2

(1 Chungcheongbuk-do Forest Bio Center,

2Department of Forest Science, Chungbuk National University)

요약: 미선나무는 1속 1종의 국내에서만 자생하는 천연기념물로 꽃이 화려하고 형태가 다양하여 조경수로 가치가 높다. 또한 미선나무잎 추출물에는 카테킨, 클로로겐산, 쿠마르산, 버바스코사이드 등 유용물질들이 보고되어 산림 바이오 수종으로의 가치도 높아 우량 품종 개발의 의미가 큰 수종이다. 그러나 미선나무는 자연 상태에서도 변이가 많고 개화기가 짧아 표현형만으로 품종을 식별하기에는 어려움이 있다. 이를 위한 해결 방안 중 하나로 분자생물학적 방법이 유용하게 사용 되고 있다. 본 연구에서는 미선나무의 품종 식별을 위한 SSR 마커를 개발하고자 농업생명공학정보센터(NABIC)의 미선나무 NGS 데이터(전사체)를 활용하였다. 미선나무의 전사체의 SRA data를 assembly 후 SSR 데이터를 추출하여 총 5,163개의 SSR을 9개의 타입으로 분류하고 필터링하여 상위 10%인 515개의 SSR에 대한 프라이머가 1차로 선발되었다. 이 프라이머들은 등록 품종인 ‘옥황1’, ‘꼬리별’, ‘한별’과 충북 자생지(괴산, 옥천, 영동)내 미선나무에 적용하여 2차 선발 후 충북 도내 재배 개체와 자생지의 개체들을 대상으로 검증하여 최종 선발된 마커를 품종 식별을 위한 SSR 마커로 활용할 예정이다.

Abstract: Abeliophyllum distichum Nakai, a natural monument endemic to Korea as a monotypic genus, is highly valued for its ornamental flowers and beneficial leaf compounds, including catechins, chlorogenic acid, coumaric acid, and verbascoside. Despite its significance as a forestry bioresource, identifying cultivars based on phenotype is challenging due to natural variation and a short flowering period. This study addressed this issue by developing SSR markers using NGS transcriptome data from National Agricultural Biotechnology Information Center (NABIC). After assembling the SRA data and extracting 5,163 SSRs, primers for the top 10% (515 SSRs) were selected. These primers were tested on registered cultivars 'Okhwang 1ho', 'Kkoribyeol', and 'Hanbyeol', as well as native specimens from Goesan, Okcheon, and Yeongdong in Chungbuk. Following a second selection and validation with both cultivated and wild specimens, the final markers will be used for cultivar identification.

사사: 본 연구는 산림청 산림자원 기능성 원료 표준화 기술개발(RS-2024-00404094)의 지원에 의해 이루어진 것임.